Naruto Shippuuden se odehrává 2 a půl roku po 9.řadě normálního Naruta.Naruto se vrací ze svého tréninku zpět do Listové,kde potkává Kakashiho a Sakuru.Opět se spojují do týmu spolu se Saiem(novou postavou v seriálu),který je tak jaksi podivín....Naruto se nevzdal toho,aby zachránil Sasukeho od Orochimara,ten se ale úplně změnil,když se ti dva potkají.Kakashi po boji s členy Akatsuki odpočívá v nemocnici a místo něj v týmu,kde se odehrává 2 a půl roku po 9.řadě normálního Naruta.Naruto se vrací ze svého tréninku zpět do Listové,kde potkává Kakashiho a Sakuru.Opět se spojují do týmu spolu se Saiem(novou postavou v seriálu),který je tak jaksi podivín....Naruto se nevzdal toho,aby zachránil Sasukeho od Orochimara,ten se ale úplně změnil,když se ti dva potkají.Kakashi po boji s členy Akatsuki odpočívá v nemocnici a místo něj v je Naruto,Sakura a Saie bude velet kapitán Yamato.Teď se vysílá již 3 řada Naruta Shippuuden a v ní si Saie zlomí ruku a na jeho místo přijde také nová postava ze třetí řady Sora,který má zvláštní schopnot soustředit svou chakru do ruky a přemenit ji na něco zvláštního.